Описание:
Красное полотнище с центральной фигурой городского герба в центре.

Обсонование символики:
медведь, разрывающий ядро в структурной решётке атома, символизирует соединение сил природы и человеческой мысли и является аллегорией самого Железногорска, построенного в тайге по принципу ограниченного изменения природного ландшафта.
Золото — символ богатства, стабильности, интеллекта, уважения, энергии.
Серебро — символ чистоты и совершенства, мира и взаимопонимания. Красный цвет — символ мужества, силы, трудолюбия, красоты, праздника.

Авторская группа:
идея герба: Валерий Григорьев (Железногорск), Виктор Журавков (Железногорск);
геральдическая доработка: Владимир Дюков (Красноярск), Константин Моченов (Химки);
художники: Валерий Григорьев (Железногорск), Ольга Салова (Москва);
компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).